Ventajas

a) Emisiones
Este es el punto fuerte de este motor, ya que, con él, se trata de solucionar los problemas actuales que presentan los combustibles derivados del petróleo, es decir, este tipo de motores contribuirán a mitigar los problemas de polución en las grandes ciudades, así como el más acuciante, el del cambio climático. Es bien sabido que la reacción en este motor es:

Ahora bien, al ser una reacción exotérmica se liberará calor, con lo que podrían aparecer dos problemas importantes, la detonación o combustión indeseada de la mezcla y la formación de óxidos de nitrógeno, los denominados NOx. Éstos últimos serían generados a causa de la alta temperatura de combustión del hidrógeno, aunque en cantidades ínfimas comparadas con los motores actuales con catalizador incluido. Lo que sí se evitaría sería la generación de otros contaminantes, como los sulfuros, el ozono, los hidrocarburos no quemados, etc., los cuales son responsables en gran parte de la contaminación y de las enfermedades del sistema respiratorio causadas por la contaminación en grandes ciudades.
El problema del autoencendido será tratado más adelante de una forma más exhaustiva, ya que es uno de los aspectos del hidrógeno que más quebraderos de cabeza ha provocado.

b) Disponibilidad del hidrógeno
El hidrógeno es el elemento más abundante en el universo y, aquí en la Tierra, lo podemos encontrar formando parte del agua y de los hidrocarburos. Esto implica que el hidrógeno constituiría una fuente de energía sumamente diversificada, que acabaría con el problema expuesto en la introducción acerca de la dependencia de muchos países del petróleo producido por unos pocos países. Y, además, sería un recurso inagotable, ya que podría ser extraído del agua mediante electrólisis, como ya se apuntó, o bien gracias al tratamiento de otros compuestos que contengan hidrógeno, tales como el metanol, el amoníaco o las gasolinas. El ciclo se cerraría al volver a combinarse el oxígeno y el hidrógeno para dar agua, tal y como se expuso en la introducción.

c) Híbrido eléctrico-hidrógeno
Como ya se mencionó en la introducción, en los últimos años se han venido desarrollando otras tecnologías con el objetivo de sustituir al motor de combustión, una de las cuales es la célula de combustible. Dado que esta tecnología se emplea en la generación de energía eléctrica a partir del H2, entonces será posible su inclusión en el tipo de automóviles que estamos tratando para cumplir la función de las baterías actuales.
No obstante, las células de combustible presentan una ventaja frente a las baterías convencionales y es que es posible su empleo con el motor apagado. Algo que puede resultar útil en climas calurosos en los que es usual dejar el motor en marcha para mantener el coche a una temperatura adecuada, tal y como ocurre, por ejemplo, en las regiones cálidas de los Estados Unidos.

d) Densidad
El hidrógeno es el elemento más pequeño que existe lo cual implica que su densidad en estado líquido, que vale 70 kg/m3, será menor que la de cualquier otra sustancia líquida conocida. Este hecho hace que el hidrógeno tenga una energía por unidad de masa 2,6 veces mayor que la de la gasolina, lo cual constituye una gran ventaja para el mismo. El problema es que para una cantidad dada de energía el hidrógeno requiere un volumen cuatro veces mayor que el correspondiente a la gasolina.