Inconvenientes

a) Autonomía y consumo
Debido al problema mencionado en el apartado anterior acerca de la densidad de masa y energía del hidrógeno, la autonomía de un vehículo impulsado gracias al hidrógeno no llega a ser todo lo grande que sería de esperar. Una parte del problema también es originado por el consumo del motor. En el BMW 750 hl el valor de dicha característica asciende a unos 350 km con un depósito criogénico. Aunque, con nuevos diseños de depósitos de esta clase o con los hidruros metálicos, se espera aumentar este parámetro del vehículo, a medida que vaya progresando la investigación en este aspecto.
b) Infraestructura
En la actualidad existen muy pocas estaciones en las que sea posible repostar hidrógeno de la forma adecuada a los distintos sistemas de almacenamiento que se barajan. Por ejemplo, en la actualidad el único lugar en el que se puede repostar hidrógeno líquido es el aeropuerto de Munich y únicamente permite repostar a los modelos 750 hl de BMW. Por parte de esta compañía se espera que en un futuro no muy lejano exista una cierta infraestructura que permita el manejo de forma confortable de vehículos a hidrógeno, es decir, que el repostar en cualquier lugar no constituya un problema. Para ello se busca el apoyo de las empresas del sector energético, tales como Shell por ejemplo, para desarrollar dicha infraestructura. El hecho de que,
progresivamente, decaerá el interés en el petróleo por culpa de su seguro aumento de precio nos hace concebir esperanzas de que todos estos proyectos sean llevados a cabo.

c) Autoencendido
Tanto en motores alimentados con gasolina como en los que funcionan a base de hidrógeno el mecanismo por el cual se produce el autoencendido es el mismo. En cualquiera de los casos, los gases de entrada encuentran una fuente de calor con intensidad suficiente como para iniciar el proceso de combustión de la mezcla mientras la válvula de admisión se encuentra abierta. Las posibles fuentes de calor pueden ser una zona de alta temperatura de la cámara de combustión, como la bujía por ejemplo, algún defecto de la cámara de combustión, sustancias depositadas en la combustión anterior o incluso los gases de escape, los cuales todavía pueden conservar una temperatura suficiente como para producir la ignición de la mezcla entrante. Al emplear hidrógeno como combustible, el problema del autoencendido se agrava debido a dos causas
principales. La primera es la baja energía que requiere la reacción de combustión para comenzar a darse, con lo que cualquier región de la cámara de combustión que esté medianamente caliente puede provocar fácilmente la reacción. La segunda es la alta velocidad de la llama, que influye en el rápido crecimiento del núcleo de la llama y la disminución del tiempo disponible para extinguirla. Gracias a una serie de experimentos, se ha logrado eliminar algunas de estas posibles causas del autoencendido en motores de hidrógeno. En primer lugar, la posibilidad de que los gases de escape sean los responsables de este problema se desecha debido a que el tiempo durante el cual coexisten ambos tipos de gases no es lo suficientemente largo como para que se induzca la combustión. Por esto, se ha tratado de eliminar los puntos calientes de la cámara de combustión por medio de la refrigeración de las válvulas mediante sodio o la inclusión de bujías construidas con materiales con grandes coeficientes de conductividad térmica. También se han realizado experimentos con cámaras de combustión inmaculadas y sin ningún tipo de irregularidad en su superficie.
Pero ninguna de estas modificaciones ha permitido un control efectivo del autoencendido con lo que la investigación se ha encaminado hacia lo microscópico una vez eliminados los posibles factores macroscópicos. Se parte de una hipótesis, según la cual las partículas sólidas que quedan después de la combustión permanecen a temperaturas mayores que los gases circundantes al final de la carrera de escape, debido a su mayor capacidad calorífica y su mayor masa. Por lo tanto, un primer punto de vista consiste en reducir la temperatura de los gases de escape antes de introducir los de entrada de forma que estas fuentes puntuales de calor no consigan encender la mezcla entrante. Se podría pensar que un método efectivo consistiría en reducir la temperatura del líquido refrigerante del motor, pero esto no lograría las transferencias de calor necesarias para reducir lo suficiente la temperatura de los gases de escape. También se pueden aplicar técnicas de control de partículas para eliminar esas fuentes de calor puntuales, pero los
resultados son satisfactorios sólo durante un breve intervalo de tiempo. La mejor solución consiste en reducir el volumen de la cámara de combustión sin cambiar de forma significativa la superficie de la misma. Supongamos que reducimos en un 30% el volumen de una determinada cámara de combustión sin cambiar significativamente el área de la superficie del cilindro, entonces los gases residuales serán enfriados un 30% más rápido que antes. Gracias a esto, además, hemos aumentado la relación de compresión en un 37,5%, lo cual implica, en un ciclo Otto, un aumento del rendimiento termodinámico del 5%. Así pues, se ahorra combustible y se consigue un descenso de la temperatura de los gases de escape mediante la reducción de las pérdidas de calor y la mejor conversión de la energía del combustible en trabajo, además de solucionar el problema del autoencendido.
De acuerdo con la información recabada, existen dos tipos básicos de motor de combustión que emplean hidrógeno como combustible. El primero y más importante es el motor de combustión de hidrógeno de cuatro tiempos, que es en esencia un motor típico de combustión interna, y el segundo se trata del motor Wankel.